Вещание в сеть происходит после применения плагинов или до или можно этим управлять как-то?

В сеть/на диск/на экран идет поток после всех плагинов и обработок.

Управлять этим нельзя. Если вам не нужен какой-то плагин - убирайте его в настройках перед запуском. Но если запись/вещание уже идет, ничего изменить нельзя.

Да и по логике посудите - кадр ушел (в сеть, на диск, на просмотр, куда угодно, не важно куда), как вы его после этого обработаете? Он уже прошел, его уже нет в программе. Скажете - верните мой кадр взад, я хочу с ним чего-то сделать?

И еще - Вы когда при просмотре добавляете/убираете какой-то плагин, у вас на доли секунды просмотр прерывается, после чего возобновляется. Эта пауза вызвана перестройкой DirectShow графа просмотра. Таким же образом надо останавливать и перестраивать и граф записи. Но т.к. запись при этом обязательно прервется (такова технология), это автоматически никогда не делается. Сами останавливайте запись, меняйте набор плагинов и запускайте. Процесс вещание в сеть в этом смысле полностью идентичен процессу записи в файл.